El Proyecto Educativo Institucional del Colegio Emmanuel d´Alzon se inspira y fundamenta en el pensamiento cristiano católico, en su visión de la persona, de la cultura, de la educación ydel deber ser de la vocación y misión del ser humano en la historia, con especial referencia a la sociedades colombiana y latinoamericana; es por eso que a través de los años la consigna primordial ha sido“Formar hombres de fe, hombres de ciencia y hombres de su tiempo”.Desde esta perspectiva se asume la formación en valores cristianos como el eje fundamental en el desarrollo de la persona, el formalismo científico como una herramienta esencial en el progreso de la humanidad y se adquiere un serio compromiso de aportar a la sociedad ciudadanos capaces de afrontar los grandes retos que la modernidad les impone.

Todo lo anterior se soporta en los siguientes principios:
1. Educar Para La interioridad
2. Educar Para la Convivencia
3. Educar Para la Proyección Social

Las metodologías de trabajo están sustentadas en el concepto de la educación como el arte de poner al servicio del estudiante un conjunto de contenidos culturales en un ambiente adecuado, que favorezca el desarrollo humano integral en la línea de la humanización y lapersonalización. Este conjunto de contenidos está organizado por áreas y asignaturas y se conjuga con una adecuada relación maestro – discípulo, una relación de calidad espiritual y humana.